健診と保健指導が年をまたぐと医療費控除は支払った年に分かれます｜健診の自己負担額は昨年分——国税庁の質疑応答事例

質疑応答事例の全文

【照会要旨】

昨年12月に特定健康診査を受診し、診断料（自己負担額）を支払ったところ、本年2月になってその診査結果が一定の基準に該当することから特定保健指導（積極的支援）を受けるように利用券が交付されました。早速、特定保健指導を受け、指導料（自己負担額）を支払ったところ、その領収書には医療費控除の対象となる旨の記載がありました。

ところで、一定の基準に該当することにより積極的支援を受けた場合には、その特定健康診査に係る自己負担額も医療費控除の対象となると聞きましたが、この昨年12月に支払った自己負担額も本年分の医療費としてよいでしょうか。

【回答要旨】

特定健康診査の自己負担額は、昨年分の医療費控除の対象となる医療費に該当することになります。

特定健康診査の自己負担額は、人間ドックの費用のように医療費に該当するものではありません。しかし、その特定健康診査の結果が高血圧症、脂質異常症又は糖尿病と同等の状態と診断され、かつ、引き続き特定健康診査を行った医師の指示に基づき特定保健指導が行われた場合には、その特定健康診査の自己負担額も医療費に該当するものとして取り扱われます（所得税基本通達73-4）。なお、特定健康診査に代えて人間ドックを受診した場合は、その人間ドックに要した費用は、特定健康診査に係る診断料と同様の取扱いとなります。

ところで、所得税法第73条第1項《医療費控除》に規定する「その年中に支払った当該医療費」とは、その年中に現実に支払った医療費をいうものとされますから（所得税基本通達73-2）、一連の治療が年をまたがって行われた場合には、その医療費は支払った日の属する年ごとに医療費控除の対象とされることになります。

したがって、照会の場合、特定保健指導の自己負担額は本年分の医療費控除の対象とされますが、その特定保健指導に係る特定健康診査の自己負担額は昨年12月に支払っていますから、昨年分の医療費控除の対象となる医療費となります。

なお、厚生労働省では、医療費控除の対象となる金額を明らかにするために、その領収書に、①特定健康診査の実施機関名及び特定健康診査を実施した医師名、②特定健康診査の結果、所得税法施行規則第40条の3第1項第2号に規定する基準に該当し、特定保健指導を受けるべき者として判定した旨の内容、③特定保健指導の実施年度及び実施した旨の内容、④特定保健指導に係る費用のうち自己負担額及び⑤特定保健指導の実施機関及び特定保健指導の実施責任者名を記載するように各関係団体に対して周知しています。

（国税庁質疑応答事例「特定健康診査と特定保健指導が年をまたがって行われた場合」より）

頁の「関係法令通達」の欄は「所得税法第73条第1項、第120条第4項、第5項、所得税法施行令第207条、所得税法施行規則第40条の3第1項第2号、所得税基本通達73-2、73-4」、注記は「令和7年8月1日現在の法令・通達等に基づいて作成しています」です。

回答が引いている線は2行

線	事例の語
健診の自己負担額が医療費になる線	「その特定健康診査の結果が高血圧症、脂質異常症又は糖尿病と同等の状態と診断され、かつ、引き続き特定健康診査を行った医師の指示に基づき特定保健指導が行われた場合には、その特定健康診査の自己負担額も医療費に該当するものとして取り扱われます（所得税基本通達73-4）」
支払った年で分ける線	「一連の治療が年をまたがって行われた場合には、その医療費は支払った日の属する年ごとに医療費控除の対象とされることになります」

回答は2つの線で答えています。1つは、健診の自己負担額が医療費になる条件（健診の結果が基準に該当する状態と診断され、引き続き健診を行った医師の指示に基づき特定保健指導が行われる）です。もう1つは、支払った日の属する年ごとに対象になるという線で、健診の自己負担額は支払った昨年分、保健指導の自己負担額は本年分になります。